58-66 Анализ таксономической принадлежности ASV (Amplicon Sequence Variant) представителей Cryptosporidium scrofarum у свиней в условиях Вологодской области Северо-Западного федерального округа РФ. Кряжев А. Л., Новиков А. С.

Анализ таксономической принадлежности
ASV (Amplicon Sequence Variant) представителей
Cryptosporidium scrofarum у свиней в условиях
Вологодской области
Северо-Западного федерального округа РФ

Андрей Леонидович Кряжев ¹, Артём Сергеевич Новиков ²

Цель исследований – выделение, идентификация и анализ типов ASV (Amplicon Sequence Variant) криптоспоридий свиней в условиях Вологодской области РФ.

Материалы и методы. Исследования в Российской Федерации выполнены впервые. Исследования проводили в свиноводческих хозяйствах на территории Вологодской области Северо-Западного федерального округа РФ в период с января по октябрь 2023 г. Фекалии получали от поросят различных возрастов, а также от подсосных свиноматок. Пробы исследовали с использованием оборудования ЦКП «Геномные технологии, протеомика и клеточная биология» ФГБНУ ВНИИСХМ. Идентификацию видов рода Cryptosporidium в пробах фекалий проводили с помощью высокопроизводительного секвенирования ампликонных библиотек фрагментов гена 18S рРНК, полученных в результате проведения nested (вложенной) ПЦР с последующим «деноизингом», объединением последовательностей, восстановления исходных филотипов (ASV, (Amplicon Sequence Variant)).
 
Результаты и обсуждение. Представители рода Cryptosporidium были выявлены в каждой исследуемой возрастной группе. В результате высокопроизводительного секвенирования библиотек по технологии Illumina для каждого образца было получено от 20 до 100 тыс. нуклеотидных последовательностей (прочтений), после обработки которых суммарно было выявлено 2372 ASV. Анализ таксономической принадлежности ASV, проведённый с помощью филогенетического анализа, дополненного анализом с использованием алгоритма blastn в базе данных GenBank, показал, что суммарно во всех исследованных образцах присутствуют только 10 ASV, имеющих высокое сходство с последовательностями, депонированными в GenBank как фрагменты гена 18S рРНК Cryptosporidium scrofarum.  8 типов ASV являются уникальными и не повторяются от хозяйства к хозяйству. Вероятно, эти последовательности принадлежат местным популяциям подвидов C. scrofarum. Интересным представляется обнаружение уникальной последовательности рода Cryptosporidium типа ASV8, сходство которого с ближайшим родственником рода составляет всего 91,47%, что может свидетельствовать о довольно удалённом таксономическом родстве. Данный тип нуклеотидной последовательности в дальнейшем может быть описан как новый вид. Все выявленные уникальные нуклеотидные последовательности ASV были депонированы в GenBank.

Ключевые слова: криптоспоридиоз, Cryptosporidium scrofarum, ооцисты, ПЦР, ДНК, секвенирование, 18S рРНК, ASV, Amplicon Sequence Variant, поросята, Вологодская область, Российская Федерация

Благодарности. Исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда № 22-26-00002, https://rscf.ru/project/22-26-00002/

Прозрачность финансовой деятельности: никто из авторов не имеет финансовой заинтересованности в представленных материалах или методах. 

Конфликт интересов отсутствует.

Для цитирования: Кряжев А. Л., Новиков А. С. Анализ таксономической принадлежности ASV (Amplicon Sequence Variant) представителей Cryptosporidium scrofarum у свиней в условиях Вологодской области Северо-Западного федерального округа РФ // Российский паразитологический журнал. 2024. Т. 18. № 1. С. 58–66. https://doi.org/10.31016/1998-8435-2024-18-1-58-66

© Кряжев А. Л., Новиков А. С., 2024