В структуре института 8 лабораторий, научно-внедренческий отдел и Подольская опытно-производственная база с виварием и цехом для наработки опытных партий новых противопаразитарных препаратов:
Лаборатория эпизоотологии и санитарной паразитологии
Заведующий лабораторией, к.б.н.
Пузанова Евгения Владимировна
Лаборатория изучает эпизоотологию паразитозов, закономерности формирования и функционирования паразитарных систем и отдельных их компонентов в условиях естественных сельскохозяйственных биоценозов, влияние природных и антропогенных факторов на динамику пораженности животных наиболее экономически и социально значимыми паразитозами.
Лаборатория проводит мониторинг эпизоотической ситуации по основным паразитарным болезням свиней и клеточных пушных зверей, испытывает противопаразитарные препараты и разрабатывает методы их применения в свиноводстве и крупном звероводстве, осуществляет исследования и разработку санитарно - паразитологических методов обеззараживания животноводческих стоков и навоза в хозяйствах промышленного типа, апробирует комплексные меры борьбы с паразитозами применительно к хозяйствам с различными технологиями содержания и разных географических зон, а также разрабатывает стандарты, нормы затрат времени, материальных средств и расценки на проведение диагностических исследований и профилактических антипаразитарных мероприятий.
Лаборатория биологии и биологических основ профилактики
Заведующий лабораторией, к.б.н.
Лаборатория изучает биологию гельминтов, экологию промежуточных хозяев, паразито-ценотические взаимоотношения, изыскивает биологические методы борьбы и профилактики паразитарных болезней.
Лаборатория экспериментальной терапии
Заведующий лабораторией, д.в.н., профессор,
Лауреат премии Правительства Российской Федерации
Архипов Иван Алексеевич
Лаборатория проводит поиск наиболее эффективных химиотерапевтических препаратов и лекарственных форм для борьбы с паразитарными болезнями млекопитающих, птиц и рыб; изучает фармакокинетику и фармакотоксикологические свойства противопаразитарных препаратов, а также их влияние на репродуктивную способность, молочную продуктивность, прирост массы тела, иммунный статус, определяет остаточные количества лекарственных веществ в организме и сроки ожидания после лечения животных.
Лаборатория паразитарных зоонозов
Заведующий лабораторией, д.в.н., профессор, член-корреспондент РАН
Лаборатория осуществляет комплексные исследования по эпизоотологии и эпидемиологии болезней, общих для животных и человека, совершенствует и разрабатывает новые методы прижизненной и посмертной диагностики гельминтозоонозов, изыскивает средства и методы механизации и автоматизации диагностических исследований, совершенствует меры общей профилактики гельминтозоонозов.
Лаборатория иммунологии и молекулярных исследований
Заведующий лабораторией, к.б.н.
Одоевская Ирина Михайловна
Лаборатория разрабатывает технологии получения антигенноактивных метаболитов паразитических нематод in vitro, создает и внедряет диагностические системы на основе ELISA; проводит молекулярно-генетические исследования по эпидемической географии трихинеллёза в целях выявления таксономической принадлежности и внутривидовых особенностей изолятов трихинелл, циркулирующих на территории РФ. Результаты представлены в NCBI GenBank, Международном референс-центре ITRC по трихинеллёзу (Рим, Италия) и European Union Reference Laboratory for Parasites (EURLP).
Лаборатория эктопаразитозов
Заведующий лабораторией, д.в.н., профессор РАН
Арисов Михаил Владимирович
Лаборатория проводит исследования по распространению арахноэнтомозов животных и птиц (болезней, вызванных насекомыми и клещами). На базе лаборатории ведется разработка новых инсектоакарицидных препаратов, проводятся экспериментальные до клинические и клинические испытания, разработка нормативно-технической документации на новые препараты (технические условия, стандарты предприятия, инструкции по применению, технологические регламенты).
Лаборатория фитопаразитологии
Заведующий лабораторией, к.б.н.
Лычагина Светлана Владимировна
Лаборатория разрабатывает теоретические основы профилактики и меры борьбы с основными нематодозами сельскохозяйственных культур, изучен видовой состав, ареалы и вредоносность наиболее патогенных фитогельминтов и закономерности течения эпифитотий в разных зонах страны.
Лаборатория диагностических исследований
Заведующий лабораторией, к.б.н.
Курносова Ольга Петровна

Основной целью Лаборатории является проведение лабораторно-диагностических мероприятий, направленных на обеспечение раннего выявления и предупреждения распространения болезней среди животных и человека, вызываемые ПБА III-IV групп, а также проведение работ с ПБА III-IV групп для выполнения государственного задания по научно-исследовательской работе (НИР), а также иных НИР Филиала.
Научно-внедренческий отдел
Заведующий отделом
Основной целью отдела является проведение всех запланированных и систематических действий, необходимых для выполнения государственного задания по научно-исследовательской работе (НИР), а также иных НИР Института.
Подольская опытно-производственная база
Заведующий хозяйством
Подольская опытно-производственная база является научно-исследовательской и производственной структурой, где проводится большая часть экспериментальных работ по паразитозам на сельскохозяйственных животных в условиях, близких к производственным. Имеются экспериментальные пруды, где проводятся исследования по гельминтозам рыб, а также цех по производству лечебных кормов для животных и рыб.